KDE et GNOME ont une approche différente de ce que doit être une interface graphique :

• KDE se veut complet dans l'intégration et les possibilités de configuration (collecte de toutes les applications installées au moment du lancement, afin de n'en oublier aucune)
• GNOME se veut épuré et met en avant des applications et des fonctionnalités au détriment d'autres

Il arrive que les partisans de KDE et GNOME se lancent dans de longues discussions stériles ayant pour origine tel ou tel troll opposant les deux environnements, comme le moins gourmand en ressource mémoire ou processeur. De manière à faire cohabiter différents environnements, Freedesktop.org a été créé avec pour objectif d'être une zone informelle de collaboration entre eux (mais ouverte aux autres) et visant à harmoniser l'infrastructure commune comme les raccourcis claviers, la détection du matériel, l'échange de données entre applications (comme avec le copier-coller, couper-coller et glisser-déposer), etc. C'est ainsi que depuis plusieurs années les applications KDE fonctionnent sous GNOME et inversement. Il reste néanmoins des choix d'ergonomie différents et des fonctionnalités pas toujours correctement intégrées. Lorsque l'on utilise simultanément des programmes GNOME et KDE, les deux bibliothèques graphiques sont chargées. Cela pose rarement aujourd'hui de problème en ce qui concerne la mémoire vive, mais nuit à l'efficacité du cache sur le microprocesseur. Certains économiseurs d'écran (screensavers) conçus au départ pour GNOME ne donnent pas accès à la totalité de leur paramétrage sous KDE pour des raisons d'homonymies de méthodes virtuelles. En 2005, Linus Torvalds fit parler de lui lorsque dans la liste de diffusion de GNOME] [4], il encouragea les gens sous GNOME à passer sous KDE. Il écrivit dans un autre message que Gnome semblait être programmé par des « nazis de l'interface » [5] (le terme "nazi", est utilisé de manière plus générique aux États-Unis et n'a pas le même poids qu'en Europe). Ceci faisait suite à une dispute sur l'ajout ou non de fonctions avancées dans le logiciel d'impression de GNOME. Cette attaque ne fut pas du goût des responsables de KDE et Aaron Seigo (un important développeur de KDE) appela au calme en disant qu'il était normal et nécessaire que les deux environnements fassent des choix d'interface différents. Et que le dénigrement d'un bureau ne contribuait pas à renforcer l'autre, mais au contraire, lui nuisait via la polémique que ce genre d'interventions génère inévitablement. Alors même que Gnome et KDE ont à travailler ensemble, notamment pour obtenir le soutien des entreprises de développement indépendantes, de meilleurs pilotes, l'amélioration de X11 et un Freedesktop plus fonctionnel.